
Ante el rompimiento zapatista con Francisco I. Madero, permaneció fiel al movimiento morelense. Por órdenes de Zapata redactó el Plan de Ayala, que fue proclamado en noviembre de 1911 en Ayoxustla, Puebla, por lo que es considerado el autor intelectual de este documento. Tras el asesinato de Francisco I. Madero, Zapata le ordenó adaptar el Plan de Ayala para desconocer formalmente al gobierno de Victoriano Huerta. Fue miembro de la Junta Revolucionaria del Centro y Sur de la Republica, que en abril de 1913 se reunió para trazar las metas revolucionarias y reorganizar militarmente el alto mando del movimiento zapatista. En enero de 1914 fue comisionado al estado de Guerrero para firmar un tratado de adhesión a los postulados del Plan de Ayala con el Gral. Julián Blanco. Posteriormente fue designado por Zapata para concurrir a la Convención de Aguascalientes, pero no pudo asistir por motivos de salud, nombrando en su lugar al periodista Paulino Martínez. En diciembre de 1914 acompañó al general Zapata, a su primera entrevista con el Gral. Francisco Villa, en Xochimilco, Distrito Federal, pronunciando en esa ocasión un discurso de bienvenida. Del 15 de junio al 29 de julio de 1916 fue nombrado secretario de Instrucción Publica del gobierno convencionista de Francisco Lagos Cházaro. En noviembre de 1916 fue uno de los fundadores del Centro de Consulta para la Propaganda de Unificación Revolucionaria; en Tlaltizapán fue designado agente en Guerrero de este centro.
A principios de 1917 existía ya un cierto distanciamiento entre Montaño y Zapata, debido al rechazo y la oposición entre Manuel Palafox y Antonio Díaz Soto y Gama hacia Montaño; incluso comenzó a meditar sobre abandonar el movimiento. Se refugió, junto con Lorenzo Vázquez Herrera, en la población de Buenavista de Cuéllar, donde había una colonia de zapatistas furtivos, pero en mayo de 1917 estallo ahí una revuelta, debido a que los zapatistas marginados pedían el reconocimiento de Venustiano Carranza. Zapata ordenó sofocar el movimiento y Montaño fue acusado de haber sido su director intelectual. A pesar de haberse declarado inocente, fue enjuiciado y declarado culpable. El 18 de mayo escribió en su testimonio político, en el que acusó a los políticos cercanos al general suriano de haberle fabricado un complot. Murió ejecutado el mismo día.